Californication.

En abril de 1998, en una sola semana, la banda contó con la vuelta de Frusciante y se vuelven a juntar para crear música juntos. Gran parte del álbum fue concebido en casas de los integrantes de la banda. Kiedis y Frusciante pasaban días juntos discutiendo sobre la creación de las canciones, los riffs de la guitarra y el contenido lírico. La mayor parte del álbum progresó rápidamente, aunque "Californication" en sí fue una canción difícil de completar. La grabación marcó un cambio de estilo para los Chili Peppers, aunque Californication seguía teniendo rastros de su sonido "punk funk", se inclinó hacia riffs más melódicos como en "Scar Tissue" o "Otherside". El regreso de Frusciante trajo un estilo más experimental, con canciones como "Emit Remmus" (Summer Time al revés, ya que se resalta un riff de guitarra que fue grabado hacia atrás), "Savior" o "This Velvet Glove". El álbum incluye múltiples referencias a las drogas y a Hollywood

A finales de 1998, vuelven a los estudios californianos, para grabar el conocido álbum Californication. Los Chili Peppers decidieron continuar con Rubin como productor para Californication. En el pasado Rubin concedió a los Chili Peppers libertad creativa y pensaban que esto era necesario para que el álbum fuera único, y sólo podría suceder con su regreso. La grabación se realizó en los estudios Cello, en Los Ángeles. Durante el proceso de grabación la banda tocó para sus mánagers "Scar Tissue", "Otherside" y "Californication", a comienzos de 1999, y se decidió que "Scar Tissue" sería el sencillo que encabezaría el álbum.

Californication fue lanzado el 8 de junio de 1999, debutando en el puesto 5 pero luego alcanzando el puesto 3 del Billboard 200. En el resto del mundo, el álbum alcanzó el puesto 5 del Top 40 británico, el puesto 1 de la lista de éxitos finlandesa, austríaca, sueca y neozelandesa, y el puesto 2 del Top 40 francés. Fue certificado "oro" el 22 de julio de 1999, y sus ventas posteriores lograron una certificación "multi platino" en cinco ocasiones. El álbum entra en las listas antes de que salga a la venta, gracias a "Scar Tissue", que estuvo 16 semanas en el nº 1 de Billboard Modern Rock Chart. Scar Tissue ganó un grammy por la mejor canción de rock. El álbum deja canciones como "Californication" o "Otherside", que fueron nº 1 en el lista billboard de canciones de rock modernas. Otros sencillos de promoción del álbum fueron "Around The World", "Road Trippin" y "Parallel Universe". Con el regreso de John Frusciante en la guitarra los Red Hot Chili Peppers recuperaron su aceptación crítica y tras su anterior trabajo de menor popularidad, One Hot Minute, obtuvieron un gran éxito comercial a nivel mundial, vendiendo 15 millones en el mundo, siendo el álbum de la banda más vendido hasta la fecha.

Posteriormente al lanzamiento de Californication, la banda comenzó un tour de promoción del álbum, que comenzó en los Estados Unidos. Para terminar con la gira estadounidense se le pidió a los Chili Peppers que cerraran Woodstock '99. La banda estaba informada antes de que llegaran que había muchedumbres fuera de control y fogatas en el campo, y todo esto se intensificó cuando los Chili Peppers tocaron la canción de Jimi Hendrix "Fire" para cerrar su repertorio. El show se interrumpió debido a la violencia, cuando varias mujeres fueron violadas y la propiedad cercana fue destruida y saqueada. Para iniciar el tour por Europa, la banda realizó una actuación gratis en la Plaza Roja de Moscú, el 14 de agosto de 1999, frente a 200.000 personas, siguiendo con la gira, el grupo hizo un show en Nueva York, en el Big Day Out en Australia y en Japón. Flea comenzó a sentir que no podía continuar la gira por lo que la banda no realizó algunos conciertos. Como una de las últimas actuaciones realizadas antes del lanzamiento de By the Way, los Chili Peppers tocaron en Rock in Rio 3, dando fin a la gira. En 2001 producen su primer DVD en directo, llamado Off The Map, y producido por su viejo amigo, Dick Rude, que combina secuencias de distintos conciertos de la gira norteamericana.